二、先天二年（713）七月八日，惠能与大众话别。大众都涕泪悲泣，惠能为大众说《真假动静偈》，直指“动上有不动”的离假即真。说完后“众僧既闻，识大师意，更不敢诤，依法修行，一时礼拜，即知大师不久住世”，于是“告别”。在告别而大众悲泣中，传说只有神会“不动亦不悲泣”。六祖便独赞他：“得善不善等，毁誉不动”。[37-38]惠能认为“吾灭后二十余年，邪法缭乱，惑我宗旨”，于是暗示神会在洛阳提倡南宗，“定佛教是非，竖立宗旨，即是我正法”。（疑伪）（开元二十年顷，神会在滑台大云寺，召开无遮大会，建立南宗宗旨。）
三、八月三日入灭当天，惠能食后又与大众话别。法海问起：“此顿教法传受，从上已来，至今几代？”这才有七佛以来四十世的叙述。法海又启请大师，留什么法令后代人见性？惠能更说《见真佛解脱颂》（“自性真佛解脱颂”）。然后要门人“莫作世情哭泣，而受人吊问，钱帛，着孝衣”，这都符合律制。最后的教诫是：“如吾在日一种，一时端坐。但无动无静，无生无灭，无去无来，无是无非，无住（无往），但能寂静，即是大道。”
入灭：先天二年（713）八月三日夜三更，惠能在新州国恩寺“奄然迁化”了。“端身不散，如入禅定”。据载，这几天曹溪有“异香氤氲，山崩地动，林木变白，日月无光，风云失色”等异征。早在先天元年（712），惠能归新州国恩寺，则命人在该寺造塔。入灭后，当时广州、韶州和新州三方，为争奉遗体产生了一番辩论。据载，最后达成了焚香的协议，“香烟指处，师所归焉”。结果香烟指向韶州曹溪。十一月十三日，惠能的遗体从新州迎回曹溪安葬。惠能的塔院由弟子令滔管理；从上传来的袈裟也留在塔院供养。塔院并非本寺，而是附属于本寺的别院。惠能大师灭后二十年，当时以嵩洛为中心的北宗神秀的禅门盛极一时。北方推神秀为六祖，神秀的弟子普寂“谬称七祖”。面对这个盛极一时的北宗，神会出来指证：在菩提达摩法系中，神秀是旁支；真正受五祖付法传衣的，是韶州曹溪的惠能，惠能才是六祖。论到法门，神秀是渐门，不是祖祖相承的顿教。 这一切，《南宗定是非论》均有论述。